牙周系统治疗包括基础治疗，俗称的洁牙、龈下刮治及根面平整，此外还有牙周的药物治疗。药物治疗包括作用于全身的抗菌药物和局部使用的抑菌药物。药物治疗与牙周基础治疗相配合，药物治疗起到辅助治疗的作用，不是每个患者都需要药物治疗。牙周基础治疗是牙周治疗的金标准，每位患者都需要机械治疗，如龈上洁治术、龈下刮治术、根面平整术，将定植于牙周围环境中的致病细菌清除掉。对于某些特殊患者，如牙周袋非常狭窄，解剖结构异常的患者，或者有全身系统性疾病的患者，如糖尿病患者，以及牙周病的急性状态，比如牙周脓肿时，会服用系统性药物，包括人工牛黄甲硝唑片。人工牛黄甲硝唑是一类抗厌氧菌的药物，发生牙周疾病时，特别是慢性牙周炎首先应该接受专业的牙周治疗。药物应在医生指导下使用。