食管电生理检查不良反应基本比较少。对于部分患者，可能会出现恶心欲吐，多在检查过程中出现。检查后可能少见、罕见出现如食道出血、黏膜破损，甚至很罕见的反应就是食道的穿孔。但是，这个反应是比较少，除非是特殊人群或者是操作中，电极的操作不当。所以，该检查安全系数相对还是比较高的，不良反应也比较少，是一个安全的、无创的检查方法。总之，在做检查时，如果患者在做检查前相对空腹状态，或者是饮水进行润喉，或者在操作过程中告知医生自己是否有食道的疾患，在检查过程中积极的配合医生去完成动作，检查的操作比较顺利，而且反应比较小。