扁平疣主要是病毒性疾病，所以有些扁平疣，需要通过抗病毒的方法治疗。外擦药用阿昔洛韦、喷昔洛韦以及干扰素外擦。同时也是角化过度性疾病，可以用一些抗角化药物，即维甲酸类药物，如阿达帕林、0.025%的维A酸乳膏、0.1%的迪维霜。因为其也可能是免疫功能低下造成，还要用一些增强免疫功能的药物。口服的有中成药黄芪颗粒，西药有转移因子胶囊，必要时还可以打增强免疫功能针，比如斯奇康，即卡介菌多糖核酸注射液。另外，可以用点阵激光来增强透皮吸收能力，也可以用普通的二氧化碳激光和冷冻进行治疗。总之对于不同的皮损，不同的自身情况，用不同的药物，也就是需因人而异。