新生儿脑膜炎如果治疗不及时或者不规范治疗，可以出现脑积水、脑出血以及肢体瘫痪甚至癫痫发作，还有失明、智力低下等严重的后遗症。具体来说，大约有20%重度新生儿化脓性脑膜炎后遗症为智力障碍、视听功能异常、癫痫以及脑积水；大约有35%的轻中度化脓性脑膜炎患儿认知会出现低下，大约低于平均值的1-2个标准差。一旦出现上述严重后遗症时，也该给予积极的治疗，改善预后。比如癫痫发作可以使用抗癫痫药物，控制惊厥发作；脑瘫患儿还可以给予积极的康复治疗，改善患儿的生存质量；有听力及视力损害，还可以给予相应的对症处理，争取把效果达到最大化，让患儿能够接近正常的去生活。