肛窦是人体的正常组织结构，但在人类的进化过程中，属于逐步退化的一个器官。人类的肛窦跟动物的肛窦表现不一样，主要区别在于肛腺的数量。动物的肛腺数量非常多，而人类逐渐减少，有些人几乎没有，但是绝大多数人都存在肛腺。肛窦对肛门疾病而言是很重要的结构，因为肛腺就开口于肛窦里。动物每天排出大量的黏液，减少粪便对肛门直肠的刺激，减少对肛部的损伤。人类也一样，只不过这个器官逐渐在退化。因为饮食的精细化，这个器官的退化使得肛腺的数量减少，但是肛腺的腺管开口就在肛窦里面。所以肛腺的腺管开口往往是感染的源头，肛周脓肿、肛瘘等这疾病都是因为肛腺的腺口逆行感染，引起肛门周围组织的进一步感染。