口腔扁平苔藓的用药主要分两大块，一个是局部用药，一个是全身用药。局部用药主要是消除患者的疼痛或咀嚼症状，常规用的是免疫抑制剂，促进局部伤口的愈合；全身用药主要在于控制扁平苔藓的复发，一般以中成药为主，如白芍总苷、绞股蓝、复方苔藓片或大剂量的复方丹参。总体而言，扁平苔藓的用药主要是控制和防止复发，尚无药物可以从根本上解决扁平苔藓。部分学者认为，扁平苔藓和患者自身的精神因素有关，如轻度抑郁的早期或更年期妇女容易出现，但无明确的证据证实。严重的或很难控制的扁平苔藓，亦可用抗抑郁类的药物，但很少用。