牙髓炎根管治疗其实没有副作用，可能会有一定风险。因为在根管治疗过程中，如果根管非常复杂或者细小、钙化、弯曲，在使用机械预备的时候，器械可能会折断，可能会分离，卡在根管里面取不出来；还有根管不能继续通下去，即根管扩不通，还有可能遗漏变异根管或者复杂根管。随着显微镜和超声的应用，这些风险也会大大降低，比如在显微根管下做根管治疗，根管会看的比较清楚，遗漏根管可能性也会降低；根管治疗非常复杂，通过常规根管治疗没有办法解决，这时候可以进行显微根尖手术，尽量保证患牙保存下来。