肛瘘的症状主要表现在肛周皮肤外口经常会流出血性、脓性或者黏液性的分泌物，因为经常性出现，病人总是觉得内裤会有脏东西，同时流出时间比较长，而导致肛门瘙痒，甚至会出现皮疹，造成长期肛门不舒适的感觉。如果外口假性愈合，脏东西就会存在窦道里，进而会形成脓肿，即所讲的肛旁脓肿。肛旁脓肿通常表现非常疼痛、寒战、高热。此时如果外口破溃后再次破溃，或者进行切开引流，把脓液放掉以后，其症状马上可以缓解。然后等到一定时候，外口闭合后又再次闭合，然后反复出现同样周期，这就是肛瘘比较常见的表现。