肛周脓肿的手术方式有两种，即一次切开引流和单纯切开引流。一次切开引流，即肛周脓肿根治性手术，跟发病的原因密切相关。肛周脓肿是因为肛腺感染，细菌进入腺管，向肛门直肠周围疏松组织扩散，引起肛周感染性包块，这时一旦脓液形成要做切开引流。如果在做切开引流的过程中，发现感染来源，是在某个肛窦位置的来源，进行一并处理，称为一次性根治。如果脓肿感染来源不确定是在肛门的哪个肛窦，不要盲目切开，否者会带来一定损伤，可能会损伤括约肌、损伤正常组织，继而影响肛门功能状态。所以为了减少不必要的创伤，单纯切开引流，先在肛旁脓肿最低位置，做引流切口，把脓液引出，到二期时形成慢性窦道，再沿着窦道寻找原发性内口，再做一次性根治。肛周脓肿的根治性手术，要视脓肿的位置、范围、发病特点，一般低位肛周脓肿，做一次根治性手术的机会较大，找到原发性内口的位置较容易。如果是高位深部的大范围的脓肿，内口往往不好确定，在急性期很难明确原发性内口在哪个位置，这时只推荐先做切开引流，等感染局限后，再做二期根治手术。