隐匿性阴茎的病因非常多，主要是先天性因素和后天性因素。先天性因素主要是两个方面：1、阴茎内膜发育异常，阴茎内膜有很好的伸缩性，小孩阴茎内膜增厚、增粗，可导致纤维索带失去弹性，阴茎伸缩受限制；2、阴茎内膜附着异常，阴茎内膜附着于阴茎体前端或者阴茎颈，阴茎外观可呈锥形，主要是由于怀孕早期保胎药物的使用，如黄体酮、保胎中药等。另外，接触雌激素物质也可导致。后天性因素比较常见的是包皮环切术后瘢痕性狭窄束缚阴茎，不能向前增长。另外比较常见的原因是肥胖，肥胖儿童耻骨前脂肪特别多，阴茎隐匿于脂肪下，造成阴茎外观短小。