子宫内膜异位症手术治疗的复发率高达40%，或者更高。在治疗卵巢巧克力囊肿时如果患者还没有生育，一般情况下选择将囊肿剔除，尽量保留卵巢组织，而保留的卵巢组织有可能复发囊肿。 复发后如何处理取决于患者的需求，比如有无生育要求，在没有临床症状的情况下，复发的卵巢巧克力囊肿不大、月经量也正常，则需要定期观察，每3-6个月做一次B超，观察异位病灶生长的速度。如果病灶长得很大，超过5cm，且患者存在临床症状，比如痛经或痛经越来越严重，严重影响到生活质量时，需要再一次干预或药物或手术治疗。