泌尿系结石危害比较小时，即结石从肾掉入输尿管，患者感觉非常疼痛，夜间急诊很可能有20%-30%的病人都是该类病人。如果膀胱结石掉入尿道，患者可能会有急性尿潴留导致无法排尿，需要保留导尿。如果输尿管结石长期梗阻，会引起肾脏重度积水。积水多可能会有感染，感染之后引起患者发烧、腰部疼痛，长期积水可导致肾功能逐渐丧失，虽然病人不一定有明显症状，但如果积水超过了两个月到三个月，甚至有些人一年以上再来做检查，肾脏就变成薄薄的一层纸，完全丧失了功能，这部分病人非常可惜，可能没有保留价值，需要切除肾脏。如果两侧都有结石梗阻，患者可引发尿毒症，以后要做肾移植或长期透析。少部分病人结石所在位置可长期刺激黏膜，可能导致黏膜病变，黏膜恶变以后进一步影响患者寿命。以上虽然比较少见，但会引起非常严重的后果。