肛瘘术后住院时间需要根据病情才能决定。一般对于比较简单、单纯的低位肛瘘，住院时间比较短，一般6-7天，花费也比较少，而且预后也较好。但对于高位复杂性肛瘘，住院时间相对更长。要待挂线脱落或挂线引流，逐渐换药，创面才能愈合，可能需要住院一个月，甚至几个月，相应花费也较多。 临床常会有高位复杂性肛瘘，医生需要与患者充分沟通，如果有换药条件或其它较好条件，也可以带挂线回家自行换药，使其慢慢生长和修复，可以减少住院的总体时间，还有总体花费。