阿莫西林胶囊的不良反应很多，如恶心、呕吐、腹泻及假膜性肠炎等胃肠道不良反应，再如皮疹、药物热和哮喘等过敏反应。同时用阿莫西林胶囊有的时候也可以产生贫血、血小板减少、嗜酸性粒细胞增多等症状，不良反应还有血清氨基转移酶可轻度增高。另外是念珠菌或耐药菌引起的二重感染，同时用阿莫西林胶囊时可以偶见兴奋、焦虑、失眠、头晕以及行为异常等中枢性神经系统症状。 用药前必须清楚的知道是否有过敏史，有过敏史者禁用，传染性单核细胞增多症患者应用本品他是易发生皮疹的，所以应该避免使用。疗程比较长的患者应该定期检查肝肾功能和血常规，用药时要严密监测患者的情况，如果出现不适要立即停药就诊。