尿道刺痛的药物治疗要根据病因进行选择，最常见的病因是下尿路感染，包括男性生殖系统感染。通常对于这一类问题的药物选择，主要是应用抗生素进行处理。其中男性最常见的原因是尿道炎，尿道炎尽管可以分为特异性和非特异性的尿道炎，但其用药的原则基本一致。一、尿道炎：1、细菌感染：细菌感染引起来的尿道炎，主要应用抗菌素进行治疗。通常推荐的抗菌素，包括头孢曲松、头孢克肟、左氧氟沙星等药物。女性尿道感染最常见的原因是细菌感染，主要的药物选择也是以抗菌素为主；2、非细菌感染：不是由细菌引起来的尿道炎，主要的药物治疗是多西环素、阿奇霉素和左氧氟沙星。因为这一类尿道炎，最常见的病原体是支原体和衣原体。二、男性生殖系统的炎症：1、前列腺炎：通常选择药物的时候，一线推荐应用的是左氧氟沙星。因为它可以有效透过前列腺包膜，达到前列腺内的药物浓度比较高，从而可以有效控制前列腺炎症。而其他抗菌素，还推荐阿奇霉素、多西环素等药物；2、尿路结石等：其他可能导致排尿刺痛的疾病，还有尿路结石，尤其是输尿管末端或膀胱内的结石，通过影像学的检查明确诊断。这一类疾病主要的治疗方法，是手术治疗。