抗生素和疫苗之间的使用并不冲突，但应用抗生素应是在身体有疾病的情况下，如有细菌感染时才应用。但此时机体没有处于良好状态，而疫苗应用要求机体免疫力应处于较良好的状态，才能获得较好的免疫效果。同时身体免疫状态正常时，应用疫苗可减少疫苗不良反应。所以疫苗应在没有发热、感冒、腹泻等身体不适的情况下应用，疾病情况下不建议应用疫苗。但是也有特殊情况，抗生素和疫苗需同时应用，常见于破伤风患者。此时一方面要用疫苗，即应用破伤风类毒素来进行主动免疫，同时也要应用抗生素控制体内的细菌感染，所以此时允许抗生素和疫苗同时应用。