卵巢囊肿的手术时间，需要根据患者的不同情况分析，具体如下：1、没有盆腔粘连和合并恶性疾病的单纯囊肿患者，手术一般0.5-1小时可以完成；2、年轻患者如果进行卵巢囊肿核除，把剩余卵巢进行成型、缝合的手术，单侧卵巢囊肿可能需要1小时，双侧卵巢囊肿时间要稍长，可能1.5小时左右；3、年纪较大患者，如40-45岁以上，可能做一侧的附件切除，在没有粘连，顺利情况下，一般0.5小时左右可完成，若粘连明显，切下来的卵巢囊肿里面有菜花样肿物或者实性成分，不能除外交界性或者恶性，则需要送冰冻病理进行检查，通常需要30-40分钟才能出结果，之后再根据结果，决定是否扩大手术范围，可能手术时间长达3小时；4、术前预估为恶性囊肿的患者，需要进行全子宫、双附件、大网膜盆腔淋巴结的切除，通常需要2-3小时。