小儿根尖周脓肿与乳牙的牙髓组织状况有关，乳牙牙髓组织比较疏松，血运比较丰富，乳磨牙髓腔的髓室底比较薄，矿化程度也比较差，同时副根管比较多，这些解剖结构特点会在乳牙出现牙髓炎、牙髓部分坏死，或牙髓坏死的炎症或感染的时候，有可能影响到根尖周组织和根分歧部位的牙周组织，严重时根尖和根分歧部位会出现脓肿。牙髓的感染主要是乳牙根尖周病最主要的病源，其次是牙齿受过外伤，如跌倒、碰撞、打击等对牙齿的损伤，以及在牙髓治疗过程中，药物或充填材料使用不合理等造成的根尖组织的严重损伤。在牙髓感染中，牙髓炎症特别是牙髓坏死以后，细菌及其毒素组织分解产物可通过根尖孔到达根尖周的组织，或通过髓室底的副根管以及根分叉部位引起根尖周组织感染，形成了根尖周脓肿。根管的感染以厌氧菌为主的混合感染为主，感染根管内可以产生多种物质，主要是内毒素和各种侵袭性酶，其具有强的致炎作用，可导致组织崩解和破坏能力，这样就容易形成根尖周脓肿。