病原衣原体主要有肺炎衣原体、沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体，前两者临床最常见。肺炎衣原体被认为是引起肺炎、支气管炎及其他呼吸道感染的常见病原菌。沙眼衣原体除可导致沙眼外，还是公认的性疾病传播的传染源之一。在非淋菌性尿道炎中，几乎一半是由沙眼衣原体感染造成的，其可引起尿道综合征和性病淋巴肉芽肿，男性尿道炎、附睾炎，女性不孕、子宫颈炎、盆腔炎等。新生儿通过产道感染，可引起新生儿眼炎或新生儿肺炎。沙眼衣原体还可以引起成人肺炎，对孕妇危害也较大，可造成宫外孕、流产、死胎、绒毛膜羊膜炎、早产等。鹦鹉热衣原体可引起鹦鹉热，是人类吸入受感染的鸟排泄物的尘粒而感染，发病时常有高烧、头痛、肌肉痛、寒战和上下呼吸道不适，部分患者可并发脑炎、心肌炎或血栓性静脉炎。