尿道长小疙瘩的原因主要有以下几种：1、尖锐湿疣：是比较严重的情况，部分患者长在尿道中，出现针尖样或米粒样大小的疙瘩，表面刺状。尖锐湿疣是一种性病，需及时到医院就诊，由医生根据病情，制定严格的治疗方案，如进行抗人乳头瘤病毒和调理机体免疫治疗等；2、良性肿物：如表皮囊肿、尿道息肉、阴茎中缝囊肿和尿道旁囊肿等，属于生理发育异常。此类囊肿若不影响正常生理功能，如排尿，可以不进行处理。若发生经常感染、破溃、流血以及疼痛等，应到泌尿外科就诊，医生可以手术切除囊肿。