显微根管治疗和常规根管治疗一样，都提倡在无痛下进行操作。如果治疗牙齿是死髓牙，如急性、慢性根尖周炎或者牙髓坏死，因为牙髓已经没有活力，所以在整个治疗过程中不会出现太明显的疼痛。如果治疗的牙齿是急性牙髓炎的时候或者慢性牙髓炎急性发作，此时牙髓是有一定活力的。 在第一次就诊的时候，多会在局部麻醉状态下进行，在局部麻醉的帮助下，对患牙进行牙髓处理，根管治疗期间不会出现明显的疼痛反应。对于术后，少部分病人会出现轻微的疼痛反应，但是一般情况都可以忍受，而且配合简单的抗炎治疗如口服消炎药、局部点滴，就可以做到无痛治疗。