真菌性角膜炎的症状表现为疼痛、怕光、流泪、眼睑痉挛，也就是眼皮不停地眨，这是最主要的4个表现，通常称为角膜炎三叉神经末梢受激惹的三症一征，即三种症状和一种体征。真菌性角膜炎的症状通常比较轻，而且起病比较隐匿，不容易被发现。有时会发现眼睛黑眼仁中间会发白，眼睛会充血，而且经常有眼屎，在临床上会称之为症征分离。医生会发现病人病情非常严重，但是病人本身感受到的症状并不很严重，相较于细菌性角膜炎以及阿米巴性角膜炎而言，病人感觉不到明显疼痛。