肠镜检查整体比较痛，但也是因人而异，部分病人觉得没有很痛苦，但是绝大多数的病人做肠镜检查会比较痛。因为肠道内有很多弯道，肠镜要通过弯道时，通常会牵拉到内脏神经，因此病人可以感觉到很痛，尤其是年轻人。一般年轻人内脏的神经敏感性较高，随着年龄增大，神经敏感性减弱，因此年龄越大，疼痛的敏感性越低，年轻人越年轻感觉到痛的程度越重。目前也有无痛苦结肠镜检查，即用麻醉的方法，通过静脉注射麻醉药，使病人睡觉，此时做结肠镜没有任何痛苦，如果是熟练的医生，大概15-20分钟，结肠镜可以结束。