上厕所时出现疼痛可分为大便时疼痛或小便时疼痛，具体如下：一、大便时疼痛：通常与痔疮有关，痔疮是肛门周围静脉丛扩张，是人类特有疾病，认为与久坐以及过多食用辛辣食物、喝酒多有关，一旦出现此种情况最好到肛肠外科做检查，通常进行直肠指诊、肛门镜检查，即可明确诊断。根据痔疮类型与严重程度，采用外用药、外科手术进行治疗；二、小便时疼痛：1、结石：如果患者近期正处于肾绞痛发作时期，或既往有结石病程，通常是结石卡住尿道，出现排尿时疼痛。前尿道结石直接夹出即可，后尿道结石用尿道探子推入膀胱，然后再根据膀胱结石进行处理；2、泌尿系统感染：泌尿系感染造成小便时疼痛更为常见，当出现感染时整个尿道黏膜充血、水肿、肿胀，会导致尿路内感觉神经外露，继而排尿时出现疼痛。此时需进行尿常规检测，如果尿液中有大量白细胞，即可确诊泌尿系感染，建议给予喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星。