自闭症的患儿治疗起来相当有难度，自闭症依据严重程度不一样，作为一种神经发育障碍，患儿的大脑发育或神经细胞发育又非常快速。因此，目前看到的儿童自闭症的治疗主要以训练为主，训练需要专门的老师来专门训练，如训练听力、和小朋友的交往、发音、感觉等。所以训练对于自闭症患儿是第一位的治疗，训练对于正常患儿都有效果，对于自闭症患儿更有效。 在临床上看到目前可以使用比较好的益生菌来调整患儿的胃肠道，改善患儿饮食结构。发现在自闭症的患儿中，有很多患儿对于某些食物过敏，而食物的过敏的发动是通过胃肠道，而胃肠道中占主导地位的是胃肠道微生物。所以在一定程度上补充或清除掉患儿原来的旧肠道微生物以后，可以补充良好的益生菌，也可以改善。 此外，一定要给患儿神经营养的东西，如深海鱼油、欧米伽3、DHA，这些物质在临床上虽然到目前为止没有科学的写入治疗指南中间，但在临床实践中间能够看到，如果患儿补充这些东西，与不补充的患儿相比，大脑发育的成熟度，还有临床表现恢复的成熟度，康复成熟度在一定程度上更好。