无痛肠镜指在麻醉状态下进行肠镜的检查，包括无痛麻醉及肠镜。进行无痛麻醉时通常会使用静脉麻醉，麻醉师先进行静脉注射并预留静脉的通道，完善肠道准备。当患者进入手术后，麻醉师会通过静脉通道给药，通常会应用丙泊酚类的麻醉药物并搭配止疼药物，病人即可较快进入睡眠状态，在此状态下医生再进行肠镜的操作。无痛肠镜的检查及操作与普通肠镜相同，肠镜会从肛门进入患者的结肠，再完整进入小肠的末端即回盲部，以观察结肠的情况。而在进镜及退镜时，医生会仔细观察升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠及直肠是否出现病变。当检查结束后，麻醉师通常不再给予静脉麻醉药物。因为药物代谢较快，所以停止用药后数分钟内患者即可清醒，完成无痛肠镜的检查。