经皮肾镜碎石取石术过程比较复杂，首先给病人在麻醉以后摆截石位，经尿道膀胱镜下插输尿管导管到肾盂，给患侧注水形成人工肾积水。插管以后需要把病人体位改变，截石位改成俯卧位，部分术者喜欢侧卧位或斜卧位，主流体位是俯卧位。 在第11肋间或第12肋下部位进行B超或者X线引导下穿刺，穿刺以后进入肾盂进行扩张，扩张以后形成通道，把内窥镜放进去以后就能看到肾脏结石，在肾盂或者肾盏把结石用激光或者气压弹道碎石器械打碎，把石头排出，将输尿管导管去掉就可以接受手术。