取卵子通常由经过培训的专业医生操作，首先使用较为细长的针，从阴道穿过子宫和后穹窿。其次通过B超的引导到达卵泡，将其刺破，进而取出卵子。此手术较精密且危险度较高，要求由专业人员操作。卵子需在B超的指导下观察质量是否优质，需取出优势卵子才可能成功受精，若反复取出无法受精的卵子可能造成感染。此外还可以行腹腔镜，直视下将卵泡取出，甚至开腹进行操作。上述均非常规做法，主要方式为阴道细针穿刺的方法，将已经成熟的卵细胞取出，以进行下一步的生殖培养和受精过程。