患者询问肛瘘的最佳治疗方法，其实是想问是否有更好的保护肛门的手术方法。因为瘘管切开、挂线治疗等治疗方法都会损伤肛门括约肌，可能造成部分肛门功能丧失，比如肛门漏气、漏液等。最近20年出现了很多保护括约肌的手术，具体如下：1、LIFT手术：LIFT手术就是肛门内、外括约肌之间瘘管结扎术；2、蛋白胶的注射：就是将纤维蛋白胶注射到瘘管里，从而封闭瘘管；3、直肠黏膜皮瓣的推移术：即从直肠里头将部分直肠的黏膜游离下来以后，将肛瘘的内口给覆盖住，从而挡住了内口；4、肛门外的皮瓣的推移术：此法类似于直肠瓣游离的推移术，肛门外的皮瓣的推移术与直肠黏膜的皮瓣推移术的原理相差不多。上述保护肛门括约肌的手术，虽然保护了肛门的括约肌，但复发率较高，比如LIFT的手术复发率是30%-70%。肛瘘的治疗方法有很多，最常用的治疗方法就是瘘管切开。但无论是瘘管切开，还是瘘管切除，治疗效果同等。此外，若肛瘘涉及的肛门括约肌比较多，比如超过了2/3则需要挂线治疗，挂线也是最常用的治疗方法。因此，患者要理解，要保护肛门的功能可能就会承受高复发率的风险，而要降低风险可能要丧失部分肛门的功能。因此，医生未来的研究方向，也是要尽量保护患者的肛门功能。