原发性胆汁性肝硬化的首发症状和其他肝硬化相同，早期一般没有任何特异症状，即腹胀、纳差、乏力，如果有黄疸可能会出现巩膜及皮肤黄染。如果出现并发症时的症状包括腹水、低蛋白血症、肝昏迷、肝性脑病、食管-胃底静脉曲张破裂出血、自发性腹膜炎等。原发性胆汁性肝硬化主要是自身免疫相关的肝硬化，很难通过早期症状学进行相关鉴别诊断，最核心的诊断主要是通过自身免疫性肝病七项中的抗线粒体抗体M2亚型进行诊断，其并发症和其他原因引起的肝硬化相同，如乙肝、丙肝、脂肪性肝炎引起的肝硬化。所以疾病的诊断最核心的是血清抗体学检查，通过症状学无法与其它自身免疫性肝病或病毒性肝病鉴别诊断。