盐酸美他环素胶囊主要用于治疗感染性疾病，目前在临床上主要用于部分特殊病原菌所导致的感染性疾病，具体如下：1、立克次体病：如伤寒、斑疹伤寒等；2、衣原体、支原体感染；3、霍乱、鼠疫等感染性疾病；4、替代治疗：可以用于青霉素过敏患者的替代治疗，比如青霉素过敏患者的梅毒治疗，以及中、重度痤疮的辅助治疗。盐酸美他环素属于四环素类的抗菌药物，通过抑制病原菌蛋白质的合成，起到抗菌的作用。四环素类药品中的美他环素，对多种病原菌都具有抗菌的作用。但是这类药品，在临床的耐药性日趋严重，目前主要用于特殊的病原菌所发生的感染性疾病，可以用于立克次体、衣原体、支原体，以及其他非典型病原菌导致的感染。此药物对部分常见细菌，比如革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌，都存在一定的耐药性。