HPV疫苗目前没有发现明显后遗症，但有一定的副作用。宫颈癌疫苗出来总共有十几年，在全球接种针次有2亿多，在2017年世界卫生组织(WHO)有一个立场文件，谈到疫苗副作用，主要局部症状是注射部位疼痛、红肿、硬结，此发生概率比较高，但大部分48小时之内即可缓解，部分患者会有低热，通常＜38℃，48小时之内即可缓解。对于HPV疫苗远期的并发症，即后遗症，包括是否影响生育、小孩发育、其他疾病，目前认为没有。HPV疫苗最佳接种年龄是十几岁，没有性生活之前，WHO的目标是希望15岁之前90%以上女性都能接种HPV疫苗。目前欧美国家十几岁女孩子都在免疫计划之内，对生育目前没有明显致畸作用。通常3针后即可怀孕，如果在注射过程中怀孕，也不会建议流产，定期检查即可，也不会引起免疫系统疾病等，也不增加此类疾病风险。