小便刺痛的具体原因如下：1、尿道炎：此类疾病最常见，可分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。病人发生淋菌性尿道炎时，会导致致病微生物刺激尿道黏膜，黏膜出现红肿、糜烂、黏膜破损，部分病人还会出现黏膜水疱、脓疱，水疱、脓疱破裂后会形成脓性分泌物，病人会出现尿道刺痛、刺痒和尿道口脓性分泌物。非淋菌性尿道炎病人发生衣原体感染，也会出现尿道刺痛的症状，通常刺痛程度比淋病轻，还会伴有尿道口分泌物，分泌物通常呈淡白色或透明清亮色，还会出现排精后尿道不适症状；2、尿道结石：病人发生尿道结石时也会导致尿道刺痛发生，这是由于结石梗阻刺破尿道黏膜，导致黏膜出现出血和疼痛症状。病人出现上述症状时需及时到泌尿外科或男科就医，通过泌尿系统彩超检查可以除外有无尿道结石。