雌二醇地屈孕酮的副作用主要是雌孕激素常有的副作用，会有头昏、胸胀等反应，部分患者还可能会有恶心、呕吐的感觉，或者撤退性出血，特别是在服药不是特别规律的情况下，可能因激素释放不平稳，导致内膜出现不规则的剥脱。总的来说，雌二醇地屈孕酮在临床上常用于闭经，无论是因为自然年龄闭经，还是因为手术，比如某些患者在人流手术后，或宫腔操作后发生宫腔粘连，导致的闭经或月经量减少。但建议应用此类药物的时间不要太长，因为45岁以上的女性罹患女性癌症的风险会比较高，比如内膜癌或乳腺癌。如果再长期地使用雌孕激素，有可能会导致癌症的发病率的增高。此外，对于血栓活动期的患者或有血栓高风险的女性，也不建议使用此类药物，避免增加血栓发生的风险。