临床上经常将肝血管瘤与一些其他疾病，尤其是恶性肿瘤性疾病进行鉴别。典型的肝血管瘤就会呈现快进慢出，从周边向中心逐渐填充的一个强化过程，所以与肝恶性肿瘤鉴别比较明确、比较简单。但还有一些其他的肝血管瘤，并不是典型的强化表现，所以与肝恶性肿瘤比较难鉴别。一些不典型的血管瘤，包含一些巨大的不均质血管瘤，以及一些快速填充的血管瘤，如钙化血管瘤、玻璃样变血管瘤，囊或多分叶血管瘤。还包含血管瘤伴有液平面，有柄血管瘤和外生性血管瘤，有时候针对强化的情况可能会有所差异，并不会出现典型血管瘤的强化过程。所以通常与一些肝恶性肿瘤的鉴别，可能会出现一些情况无法鉴别，可能需要结合其他检查来综合判定。甚至在某些检查都无法判定的情况下，可能还需要进一步手术切除，最后取得组织病理，才能够有效判定。