引起孩子头疼的原因多种多样，各种疾病都可能引起孩子头疼，具体如下：1、神经系统感染：这是比较常见的。比如孩子有脑炎、脑膜炎，头疼就是非常常见的症状；2、颅脑结构异常：比如孩子可能有颅内出血，或者有颅内的占位性病变，如脑肿瘤等，都可能引起孩子头疼；3、头部周边脏器有疾病：比如有些孩子有青光眼、近视、中耳炎，或者牙齿有问题，口腔疾病也都可能引起孩子头疼；4、全身性疾病：比如孩子可能会有高血压、肾脏疾病、低血糖等，也可能导致孩子出现头疼。此外，还有一些孩子可能会因为发热，或者使用药物，或者有代谢性疾病等，此时孩子的脑血管紧张、收缩、扩张等，在这个过程中也会出现头疼；5、情绪因素：还有一些孩子可能并不是躯体疾病导致头疼，可能会因为紧张、焦虑、压力等情绪变化，或者紧张性改变，导致出现头疼；6、偏头疼：还有一些孩子可能会有原因不明的偏头疼等病因出现头疼。