巨结肠的手术主要的方式及原理是把没有神经支配的部分巨结肠切除，然后将近端的正常结肠和远端近结肠肛门处的位置连接上，具体如下：1、腹腔镜手术：由于现在腹腔镜大量的施行，所以巨结肠手术在评估之后，多数可以采取腹腔镜手术治疗；2、达芬奇机器人手术：也可采用达芬奇机器人进行手术治疗，上述的微创手术需要考虑精准的问题；3、伴有其他疾病：经过评估之后发现患者还伴有其他的疾病，如结肠憩室炎，或患者是老年人，此时不能一次性将近端和远端吻合，而在将巨结肠部位切除后，将近心端的部位皮肤造瘘、远心端的部位闭合口，此为一期手术。1-2年之后，如果患者的病情恢复得好，根据评估的结果，再进行手术将两端吻合。