尿尿时龟头疼痛，往往见于两种情况，主要如下：1、尿道炎：常见的细菌如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌，沿着尿道入侵，进入到尿道的黏膜，还有膀胱的黏膜，细菌在这些移行上皮黏膜表面定植之后，就会造成黏膜细胞充血、水肿、渗血，甚至感觉神经外露，这就导致了临床上一系列的尿频、尿急、尿痛、尿道外口红肿，甚至龟头处在排尿时出现明显的疼痛。由于这些病变是细菌感染所致，所以常用的治疗方案是采用抗生素治疗。临床上常用的代表性抗生素，如左氧氟沙星，或者头孢类抗生素，代表性药物是头孢克洛，往往在治疗1周以后，会有显著的改善；2、包皮炎或者包皮龟头炎：另一大类导致尿尿时龟头疼痛的是包皮炎，或者诊断为包皮龟头炎。通常见于包皮过长，又不注意清洗的男性，或者包皮根本下翻不下来， 包茎的男性，特别容易多见。这时包皮垢常年沉积在冠状沟龟头表面，容易出现细菌入侵，造成龟头和包皮的表面疼痛，在尿尿时自然会诱发龟头的疼痛。这时一般采用有抗菌功能的软膏，如红霉素或者百多邦(莫匹罗星软膏)，一般治疗7-10天，就会有显著的疗效。