胚胎停止发育，主要原因如下：1、遗传物质错误结合：异常的精子及卵子，结合成为异常受精卵，进而发育成异常胚胎。此时来源于胚胎中遗传物质错误结合，通常为染色体数目、染色体结构异常，或基因突变导致。这种染色体基因异常的胎儿占胚胎停止发育的60%-70%。异常的胚胎都会在早孕期间停止发育进而流产，早孕期间的早期淘汰与流产，属于人类的保护机制；2、孕妇自身发生疾病：包括内、外科疾病，均会导致胚胎停止发育，如严重贫血、甲状腺功能异常，包括甲状腺功能亢进、甲状腺功能减低等，或者孕妇有严重的肝、肾功能异常，也会引起胚胎停止发育；3、接触有毒因子：胚胎正常，且孕妇没有内、外科疾病，但是其接触外界的有毒因子，进而导致胚胎止发育，例如药物、放射线，或毒物等。