儿童灌肠危害较多，常见如下：1、外伤性损伤：操作不当可使得肛门或直肠，出现外伤性损伤，儿童灌肠时不配合的情况下，出现哭闹、活动较多，可能医生操作过程中，会引起局部损伤；2、微生态环境：灌肠可能影响肠道正常微生态环境，肠道内有正常菌群。反复灌肠会影响原微生态环境、排便与肠道状态；3、其他危害：经常灌肠会使用药物，对血管或局部肠道壁膜，存在刺激和损伤等相关副作用。儿童灌肠不作为首选必要方式，仅特殊情况，如严重便秘、不能口服药物，可通过灌肠方式快速给药，但不要作为常规首选治疗方式。