引起头痛、喉咙痛、全身酸痛的原因，主要有急性化脓性扁桃体炎和急性喉炎，具体如下：1、急性化脓性扁桃体炎：一般是由于化脓性细菌，以及上呼吸道病毒感染所造成的急性炎症，会出现咽部疼痛、吞咽疼痛，有时会出现流涎、口臭的症状，对于儿童、青少年，以及年老体弱的成年人，会出现全身酸痛，以及厌食、头痛、发热等症状。治疗主要是以全身治疗为主，全身使用抗生素控制炎症；2、急性喉炎：会出现咽喉部疼痛以及失声、声音嘶哑等，特别是儿童会出现全身发热症状，以及全身酸痛、头痛，同时还会出现呼吸困难的症状。因此治疗时应当在全身使用抗生素的基础上，使用激素控制炎症以及水肿，缓解呼吸困难。