一旦患有肛瘘就必须手术治疗，极少有患者能自愈。手术治疗建议越早越好，其原因有这么几点：1、肛瘘一旦形成就会反复出现急性炎症改变，也就是反复形成脓，反复流脓、流血。在急性炎症反复发作过程中，可能使简单的肛瘘变成复杂的肛瘘，早期的肛瘘可能就一个瘘管。在反复的发生过程中可能形成多个侧管，比如肛瘘形成后不及时治疗，由原来的一个瘘管，可能有了很多侧支，开了很多小房间。在手术治疗主瘘管找到的同时，可能这些侧管就很难发现，这是肛瘘手术治疗复发高的主要原因；2、如果肛瘘不及时治疗，会反复流脓、流血，内裤反复沾染脓血会不雅，还会刺激肛周皮肤，出现相应的刺激性皮炎、肛周湿疹的发生，或者是反复瘙痒症状的出现，都会导致患者的不舒服；3、如果再耽误治疗，据统计如果10年以上的肛瘘或者带瘘的状态，肛瘘可能会恶变。肛瘘恶变虽然非常罕见，但是也不是没有。综上所述，肛瘘一旦诊断明确，建议尽早、尽快治疗。