胃镜打麻药相当于全麻，因此会有副作用。全麻胃镜即无痛胃镜，有一定风险，在全麻的情况下，患者会出现心跳减慢、呼吸暂停、血压下降，甚至还会出现潜在的神经系统问题。如果准备做无痛内镜或麻醉，需要进行术前的麻醉评估，如果麻醉当天自身情况经麻醉医生评估不适合麻醉，则不能进行麻醉的内镜，一般都是静脉打麻醉药，减少患者在进行内镜检查时的不适感，以及改善内镜的体验度。术后麻醉药很快可以从体内消散，不会再有术后的副作用，少数患者由于药物代谢慢，可能会出现恶心、头晕、醒得比较慢的现象。