中枢神经系统的细菌感染，称为细菌性脑膜脑炎。这类疾病比较危重，可以危及生命，需要借助较重要的辅助检查手段进行诊断。具体诊断方法如下：1、脑脊液检查：为最重要的检查手段，通过腰椎穿刺术，将脑脊液进行引流，再做脑脊液的常规及生化分析，查看细胞数量。如果有细胞学实验室，也可以做细胞学分类，查看中性粒细胞的占比，从而判断是否有细菌感染。还可以做细菌培养，以及革兰氏染色判断有无细菌感染。新的方法还包括脑脊液的宏基因组二代测序，这是目前研究的方向，可以提高中枢神经系统细菌感染的诊断率，达到30%-40%以上，是比较有前景的检查，通过DNA序列的比对，可以确诊细菌感染的类型；2、其他检查：除脑脊液检查外，中枢神经系统细菌感染的患者还可以行脑部的核磁共振平扫以及增强扫描，查看脑膜有无强化、脑内有无脓肿，也是较重要的辅助检查手段。血培养、血液化验亦较重要。