肠炎病程分急性、迁徙性和慢性，其中迁徙性肠炎病程在2周到2个月。以轮状病毒感染为例，免疫力较强的婴儿病程在3-4天，病程较长的婴儿需7天左右。而细菌感染进行治疗后的较强免疫力患儿，其病程在3日内。 如果患儿长时间无法得到有效治疗，病程可达几个星期甚至数月，病情无法得到控制，生长发育会受到影响。 婴儿肠炎存在的病因较多，不同病原体感染所引起症状与临床过程完全不同，难以得出确切的治愈时间。患儿应及时就医检测，确定其感染的病原体，从而进行针对性治疗。