肠道结核最常见的发病部位是回盲部，通过结肠示意图可以看到阑尾。阑尾开口于结肠的起始部位，就是盲肠，以及小肠的最末端也开口于盲肠，所以这个部位就叫回盲部。此部位在体表的投影是右下腹，所以肠结核最常见的腹痛的表现就是右下腹痛。除了回盲部以外，其余部位也有可能会发生肠道结核，比如升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠，还有少部分直肠。除了结肠以外，小肠也有可能会发生。但是最多见的部位是回盲部，或者末端的小肠，右下腹的部位。