止痛栓通常有解热镇痛类药物，如对乙酰氨基酚，具有解热镇痛药副作用，如对局部肛门消化道的刺激、损伤肝肾，引起转氨酶一过性升高。其次，对于过敏患者，可产生出汗、头疼、头晕等毒副反应。另外还有吲哚美辛止疼栓，属于非甾体抗炎药制成的栓剂，镇痛效果较为确切。因其属于非甾体抗炎药，常具备的副作用有消化道症状，如胃痛、胃胀、对肛门局部刺激，局部疼痛、不适，同时也损伤肝肾功能。