一只眼睛在眨眼时疼痛，可能由不同原因引起，需要针对不同原因，采取不同方法来应对。1、杂质：首先，如果眼睛里掉有杂质、异物，在眨眼睛时就会引起疼痛。此时，可以点用一些眼药水，使眼睛中的杂质能够尽快排出，如果点眼药水没有排出，还可以用一些生理盐水，或者清洁的水来冲洗眼睛，使结膜中的异物能够排出；2、结膜结石：结膜的结石也可以在眨眼睛时磨眼睛，从而导致眼睛疼痛。此时，结石多半突出于结膜表面，对眼睛造成摩擦、疼痛，患者需要在麻醉药的麻醉下，来挑出结膜的结石；3、睑板腺疾病：睑板腺的炎症、囊肿、脓肿，都可以导致眨眼睛时疼痛，这时也需要手术治疗，切除睑板腺的包块，排除一些堵塞的物质，使伤口能够长好、恢复，才能够减轻疼痛、恢复病情。