大多数鞍区肿瘤手术风险较小，鞍区肿瘤手术包括传统开颅手术和经鼻蝶窦经窥器或内镜，进行鞍区肿瘤切除。不论哪种术式，创伤均较小。而且随着医疗进步，包括手术器械和医生手术技巧提升，鞍区肿瘤手术风险也会小。当然有些肿瘤还是存在一定风险，比如肿瘤包裹重要的神经和血管的肿瘤、侵入附近的海绵窦、影响下丘脑位置，这时候手术风险相应较大。通过有经验的医生进行操作，风险可以较大的降低。