肛门感染尖锐湿疣后，不管湿疣位于肛内或肛外，都要先通过物理治疗手段把疣体去掉，再通过其它方法如上药、光动力疗法或注射药物等让病毒尽可能减少，尽可能降低复发率。 肛门虽然不属于生殖器，但与生殖器的距离很近，通常认为肛门属于广泛意义上的生殖器，所以肛门感染尖锐湿疣的可能性较大。肛门部位的尖锐湿疣通常会导致肛门内出现疣体，所以肛门感染尖锐湿疣后，建议去医院进行检查，其检查部位包括肛门外和肛门内。如果患者没有同性的性接触或由于前列腺等问题需要在肛内进行上药，则病毒可能只存在于肛门外，此时可以先治愈肛门外的尖锐湿疣，再检查肛门内的情况。如果怀疑患者肛内、肛外均有尖锐湿疣，则可以直接进行检查，不用考虑由于检查本身把病毒带进肛内的可能。